Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 117/KMK.05/2021, Museum Nasional ditetapkan sebagai instansi pemerintah pusat dengan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU) di bawah naungan Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi